En 1998, Funko Pop fue fundado por Mike and Claudia Becker en su hogar en Snohomish, Washington. Querían crear una figura que trajera nostalgia y alegría a cualquier persona. Empezaron intentando vender alcancias tematicas de una franquicia Big Boy en Michigan pero fallo. Sucesivamente compraron los derechos para unas figuras de cabezas bobbles para Austin Powers. Vendieron 80,000 piezas. Posteriormente siguieron vendiendo sus primeros personaje, the Grinch, Tony el Tigre, y la mascota de Cheerios.

La pequeña compañía fue vendida en 2005 al que ahora la dirige, el CEO Brian Mariotti. Después de mover la compañía a Washington, expandió significativamente. Desde entonces a firmado muchas acuerdos de licencia con compañías muy notables como Disney, Sanrio, y Seinfeld. En 2011, comenzaron a vender su línea de figuras de Pop! Vinyl. Para el 2011 habían vendido más de 20 millones dólares. La compañía fue vendida a Fundamental Capital pero conservó a los mismos empleados. En el 2017, Funko adquiere al creador de juguetes de británico,Underground Toys, que también eran su distribuidores Europeos. En agosto 19 del 2017, Funko se reubica a su sede actual en el centro de Everett, Washington. 

Funko entró en el bolsa de NASDAQ en noviembre del 2017. Después abrieron su segunda escaparate en Hollywood en noviembre 2019. ¡Tienen estatuas de tamaño humano! Ahorita Funko Pop genera alrededor de $516 millones.